Artıq 2000-ci ildə Azərbaycan milli musiqisinin inkişaf fəaliyyəti genişlənərək ayrıca milli tədris ocağının yaranması zərurətini yaradır. Bu tələbatı nəzərə alan Azərbaycan Respublikası Prezidenti Heydər Əliyev “Azərbaycan Milli Konservatoriyası”nın təsis edilməsi haqqında xüsusi fərman verir. Bu fərmandan təxminən bir il sonra Respublika Prezidenti Heydər Əliyevin 10 avqust 2001 ci il tarixli “Azərbaycan Milli Konservatoriyasının maddi-texniki bazasının yaradılması haqqında” verdiyi geniş sərəncamına əsasən Azərbaycan Milli Konservatoriya tərkibinə Bakı Musiqi Kolleci və Respublika İncəsənət Gimnaziyası daxil olmuşdur. Konservatoriyanın rektoru Siyavuş Əşrəf oğlu Kərimi təyin edilir.
Hal-hazırda AMK-da iki fakültə (ifaçılıq və tarix-nəzəriyyə) fəaliyyət göstərir. Hər iki fakültənin nəzdində 8 kafedra vardır: “Xalq çalğı alətləri”, “Solo oxuma (xanəndə)”, “Xalq çalğı alətlərinin orkestrləşdirilməsi və dirijorluğu”, “Milli musiqinin tarixi və nəzəriyyəsi”, “Musiqinin tarixi və nəzəriyyəsi”, “İnstrumental muğam”, “Ümumi fortepiano”, “İctimai fənlər”.
AMK-nın professor-müəllim heyətinin tərkibi xalq çalğı alətləri üzrə görkəmli musiqiçilər, peşəkar dirijor ,xanəndə, tanınmış musiqişünas,bəstəkar və ictimai fənlər sahəsində görkəmli bir çox alimlərdən ibarətdir. Konservatoriyada 200dən artıq müəllim çalışır. Onlardan 21 nəfəri xalq artisti, 14 nəfər əməkdar incəsənət xadimi, 18 nəfər əməkdar artist,11 nəfər əməkdar müəllim ,25 nəfəri sənətşünaslıq namizədi, 3 nəfər elmlər namizədi, 2 nəfər elmlər doktoru, 6 nəfəri sənətşünaslıq doktoru olmaqla müxtəlif elmi və fəxri adlara malikdirlər. Xalq artistlərindən Siyavuş Kərimi (professor), Arif Babayev (professor), Alim Qasımov (professor), Səkinə İsmayılova (baş müəllim), Aygün Bayramova (baş müəllim), Ramiz Mirişli (professor), Nəriman Məmmədov (professor), Şəfiqə Eyvazova (professor), Möhlət Müslümov (dosent), Fəxrəddin Dadaşov(dosent), Ağaxan Abdullayev (dosent), Azər Zeynalov(dosent), Mənsum İbrahimov (dosent) ,Dadaş Dadaşov (professor), Ağasəlim Abdullayev (dosent), Ağaverdi Paşayev (professor), Firuz Əliyev (dosent) və s.; əməkdar incəsənət xadimlərindən Oqtay Quliyev(professor), Vaqif Əbdülqasımov (professor), Məmmədağa Kərimov (professor), Nazim Kazımov (professor), Cavanşir Quliyev (professor), Akif Quliyev (dosent), Nazim Quliyev (dosent), Cəlal Abbasov (dosent), Umudov Məmmədağa (dosent), əməkdar artistlərdən Məcnun Kərimov (dosent), Elçin Haşımov (dosent) ,Elnur Əhmədov (baş müəllim), Munis Şərifov (müəllim), Elşən Mansurov (baş müəllim), Malik Mansurov (müəllim),Elşad Cabbarov (müəllim), Samir Cəfərov (müəllim) və s.; professorlardan-sənətşünaslıq doktoru Sevil Fərhadova, filologiya elmləri doktoru Məhərrəm Qasımlı, filologiya elmləri namizədi Məleykə Hüseynova, sənətşünaslıq namizədləri Oqtay Quliyev, Vaqif Əbdülqasımov, Məmmədağa Kərimov,Malik Quliyev,Gülsabah Rəhimova,Fəttah Xalıqzadə; dosentlərdən –sənətşünaslıq namizədləri Akif Quliyev, İlqar Əliyev, Zemfira Hüseynova,Yaqut Şıxseyid qızı,Ağasəlim Abdullayev və b. göstərmək olar.
Konservatoriyada təhsil iki pilləlidir. Bakalavr (4 illik gündüz şöbəsi)üzrə 180 nəfər, magistr (2 illik gündüz şöbəsi) üzrə 21 nəfər, qiyabi təhsil üzrə isə 10 nəfər tələbə müxtəlif ixtisaslar üzrə təhsil alırlar.AMK-nı bakalavr və magistr pillələri üzrə müxtəlif ixtisas dərəcələrilə 133 məzun(bakalavr üzrə 90, magistr üzrə 43 nəfər) bitirmişdir. Hal-hazırda konservatoriyada 216 tələbə təhsil alır. Onlardan 5 nəfəri xarici ölkə vətəndaşıdır. Burada təhsil ödənişli və ödənişsiz halda mövcuddur. Onu da qeyd edək ki, AMK-nın bir ali məktəb kimi formalaşmasında, tədris prosesinin inkişafında rektor, xalq artisti, professor Siyavuş Kərimi başda olmaqla konservatoriyanın professor-müəllim heyətinin elmi tədris prosesindəki çoxşaxəli istiqamətdə müsbət fəaliyyəti Republikanın musiqi həyatında öz geniş əksini tapmışdır. Bununla yanaşı Konservatoriyanın bir çox müəllim və istedadlı tələbələrinin yüksək səviyyəli elmi və ifaçılıq yönümdə çıxışlarının sorağı xarici ölkələrdən –Türkiyə, İran, Fransa,Rusiya ,Amerika, Kanada, Ərəb ölkələri,Yaponiya,Orta Asiya Respublikaları və s. ölkələrdən gəlir. Məhz bunun nəticəsi olaraq YUNESKO Azərbaycan muğamını digər xalqların muğam xasiyyətli janrları içərisində “əsas muğam” kimi təsdiq etmişdir. 2009 –cu ildə Bakıda keçirilən “Bakı-2009 İslam Mədəniyyətinin Paytaxtı” devizi altında keçirilən tədbirlərdə Milli konservatoriyanın ifaçı müəllim və tələbələrinin geniş fəaliyyəti olmuşdur.