Факультет водного хозяйства и систем инженерных коммуникаций был сформирован на базе факультетов водное хозяйство и экология, инженерные системы и сооружения, на основе решения Научного Совета Университета от 20.09.2001-го года. Гидромелиоративный факультет с 1950-го года функционировал в составе Азербайджанского Политехнического Института, затем в разные периоды в составе Азербайджанского Сельскохозяйственного Института был переименован в факультет "Гидротехника и мелиоративное строительство" и "Строительство водного хозйства и экология". В 1975-ом году с момента функционирования Азербайджанского Инженерно-Строительного Института был сформирован факультет Санитарная техника. На факультетах "Водное хозяйство" и "Инженерно- коммуникационные системы" 830 студентов полуают образование на степень бакалавра и магистра.Выпускники факультета трудятся в Закрытом Акционерном Обществе "Азеригаз", Акционерном Обществе "Азерису", Открытом Акционерном Обществе Мелиорация и Водное Хозяйство, глубокофундаментальный завод им.Г.А.Алиева, Азербайджанский Проектный Институт Государственного Морского Транспорта и Институт ЭТ, управлении по отоплению города Баку и Нефте-газовом строительном тресте.
В составе факультета функционируют пять кафедр:
-Гидротехническая мелиорация и гидрология
-Высшая математека
-Экология
-Строительство сооружений и инженерных систем